Новая игра для смартфона позволяет поучаствовать в расшифровке генома

Испанские ученые запустили видеоигру для смартфона GENIGMA. В ней игроки должны решать головоломки, создавая при этом реальные научные данные. Каждый, кто примет участие в игре, сможет обнаруживать изменения в геномных последовательностях и в конечном итоге развивать исследования рака молочной железы.

Игру разрабатывали около двух с половиной лет, сообщает Центр геномной регуляции Испании. Игра уже доступна для iOS и Android на английском, испанском, каталонском и итальянском языках.

Рак — это сильно мутировавшие клетки с измененными геномными последовательностями. Чтобы изучать и лечить рак, ученым нужно составить специальные геномные карты этих мутаций. Сегодня как раз не хватает таких справочных карт генома высокого разрешения. А они необходимы, чтобы помочь исследователям интерпретировать свои научные результаты. Например, точно определить местоположение генов, представляющих терапевтический интерес, или потенциальных участков мутации.

«Это все равно что ориентироваться в современных городах, используя карты прошлого. С помощью игроков в GENIGMA мы можем обновить наши карты, что позволит добиться быстрого прогресса в исследованиях рака молочной железы», — объясняет профессор Марк Марти-Реном.

Исследовательская группа Марти-Ренома разработала методы создания справочных геномных карт путем визуализации генома в трехмерном пространстве. Однако это требует значительного времени и ресурсов для обучения искусственного интеллекта (ИИ), а также огромных вычислительных мощностей.

Исследователи запустили GENIGMA, потому что считают, что данные, генерируемые игроками, могут быть более эффективным методом обновления эталонных карт по сравнению с использованием только ИИ. «Коллективный интеллект» игроков также может предоставить творческие решения, которые ИИ, возможно, недоступны.

Чтобы играть в GENIGMA, игроки должны решить головоломку, состоящую из цепочки блоков разных цветов и форм. Каждая строка представляет собой генетическую последовательность в линии раковых клеток, и то, как игроки организуют блоки, является потенциальным решением проблемы расположения генов.

Игроки должны реорганизовать блоки так, чтобы они набрали максимально возможное количество очков. Чем больше количество игроков и выше баллы, тем выше вероятность того, что исследователи найдут правильную последовательность для этого конкретного места на карте.

Первая справочная карта генома, которую исследователи попытаются создать, относится к клеточной линии рака молочной железы T-47D, одному из наиболее часто используемых в исследованиях. 30 000 игроков, решающих в среднем по 50 игр каждый, получат достаточно данных, чтобы создать эталонную карту 20 000 генов в этой клеточной линии рака молочной железы.

Каждую неделю в понедельник в течение трех месяцев команда GENIGMA будет выкладывать новые фрагменты генома из клеточной линии T-47D, которые игроки должны будут упорядочивать.