У вируса SARS-CoV-2 обнаружен ген-«обманка»
Исследователи обнаружили загадочный ген в коде коронавируса SARS-CoV-2 — сегмент, практически скрытый в геноме вируса и до сих пор упускаемый из виду.
Недавно идентифицированный ген ORF3d является примером того, что называется перекрывающимся геном: своего рода «ген в гене», который эффективно скрывается в цепочке нуклеотидов из-за того, что он перекрывает закодированные последовательности других генов. Статья об этом опубликована в eLife, коротко об исследовании рассказывает Science Alert.
Перекрывающиеся гены сложно идентифицировать в генетических последовательностях, поскольку системы геномного сканирования часто могут пропускать их при просмотре строк генетического кода. В вирусах нередко размещаются перекрывающиеся гены, но с точки зрения размера генома SARS-CoV-2 и его родственники являются одними из самых длинных существующих РНК-вирусов. Поэтому для коронавируса это может создать серьезную слепую зону.
«При расшифровке генома пропущенные перекрывающиеся гены подвергают нас опасности упустить из виду важные аспекты вирусной биологии, — пояснил биоинформатик Чейз Нельсон из Американского музея естественной истории. — Такие гены могут быть одним из арсенала способов, с помощью которых коронавирусы эволюционировали для эффективной репликации, подрыва иммунитета хозяина или передачи самих себя».
Сканируя геномные базы данных, исследователи обнаружили, что ген ORF3d был идентифицирован раньше, но только в одном варианте коронавируса, поражающем панголинов (обнаружен в Гуанси, Китай). Ранее он также был ошибочно классифицирован как неродственный ген ORF3b, который присутствует в других коронавирусах, включая SARS-CoV, но на самом деле это не одно и то же.
«Эти два гена не связаны и кодируют совершенно разные белки», — рассказал Нельсон.
Одна вещь, которую мы уже знаем о загадочном гене, заключается в том, что ORF3d вызывает сильный ответ антител. Однако биологи считают маловероятным, что этот ген может быть обнаружен с помощью Т-клеточного ответа.
Ранее канал «Наука» подробно рассказал о жизни и устройстве коронавирусов.