Выделена древнейшая в Африке ДНК животного
Ученые сумели выделить ДНК из зуба горного редунки, жившего в Южной Африке 50 000 лет назад, и она стала древнейшим генетическим материалом животного, полученным на жарком континенте. Подробности методики приведены в журнале Quaternary Science Reviews.
Африка изобилует палеонтологическими памятниками, но научное сообщество относится к ним без особого энтузиазма — ДНК плохо сохраняется в теплом климате. Авторы нового исследования решили это предубеждение развеять.
Они проанализировали 320 ископаемых зубов и костей, принадлежавших шести видам диких полорогих (семейство, включающее антилоп и буйволов), которые обитали на протяжении последних 110 000 лет. Останки были собраны в шести пещерах и скальных навесах вдоль южного побережья ЮАР.
Всего на наличие древней ДНК проверили 144 образца. Исследователи в основном применяли методику, ориентированную на короткие одноцепочечные фрагменты ДНК, но также сравнили ее с более традиционным подходом, рассчитанным на неповрежденную двуцепочечную ДНК. Одноцепочечный метод «расплетает» поврежденные молекулы, что позволяет извлечь мельчайшие фрагменты, которые стандартные методы обычно пропускают.
Усилия увенчались успехом. Из 144 образцов древняя ДНК была получена в 65 случаях. Одноцепочечный метод оказался более эффективным — он позволил извлечь до 6,7 раза больше животной ДНК по сравнению с двуцепочечным подходом.
До сих пор древнейшим ископаемым животным в Африке, из останков которого был получен геном, была вымершая синяя антилопа возрастом около 9300 лет. Бо́льшая часть новых успешных образцов также датируется голоценом.
Применив сборку с одноцепочечными библиотеками, авторам удалось выделить ДНК из более старых образцов — трех зубов вымершего длиннорогого буйвола и зуба вышеупомянутого редунки (горного болотного козла), живших от 12 000 до 50 000 лет назад.
Таким образом, исследователи доказали: «палеогенетические исследования фауны в низких широтах возможны». Они дали ряд рекомендаций своим последователям, которые можно считать готовой дорожной картой для палеогенетиков.
